我國(guó)最早从事(shì)理论生物學(xué)和生物信息學(xué)研究的科研人员之一，一直在生物信息學(xué)领域進(jìn)行系统研究，曾参加過(guò)中國(guó)第一个完整基因组序列的组装和基因标识，以及中國(guó)承担的人类基因组和水稻基因组工作草图的研究并建立了密码學(xué)方法。在非编码基因和生物网络研究领域的一系列成(chéng)果为生物信息學(xué)以及相关领域國(guó)际上的研究做出了重要创新性贡献。

于军教授是全球知名基因组學(xué)、生物信息學(xué)和人类遗传學(xué)专家。先後(hòu)参与并主持了國(guó)际人类基因组计划等重大科學(xué)研究项目。迄今已在包括Nature、Science等主要國(guó)际杂志發(fā)表科學(xué)论文逾百篇，發(fā)表科學(xué)专著二十余本，为大规模DNA测序实践做出重大贡献。

在2002年，被(bèi)國(guó)际著名的科學(xué)美國(guó)人杂志评选为首届年度全球科研领袖。

在新一代高通量DNA测序技术、新型生物芯片及其应用、以及生物信息分析等相关领域中取得了多项研究成(chéng)果，设计和研制了新一代高通量DNA测序的实验樣(yàng)机和测序芯片，并大量应用于临床樣(yàng)本的检测。 为我國(guó)高通量基因测序仪的研究和發(fā)展做出重大贡献。