中信湘雅生殖与遗传专科医院（以下简称“中信湘雅”）林戈课题组和深圳市三色生物科技有限公司（以下简称“真迈生物”）联合组成(chéng)的研究团队在预印本服务网站BioRxiv在线發(fā)表了题为Accurate CNV identification from only a few cells with low GC bias in a single-molecule sequencing platform的學(xué)术论文。

论文的扩展应用方向(xiàng)以可以实施用于PGT-A应用为目标進(jìn)行设计和实施。文章的结果展示，GenoCare单分子测序仪的微量细胞检测方案在检测灵敏度和時(shí)间上优于传统NGS（Next generation sequencing）检测方法。

基于Genocare检测平台的PGT-A的检测周期可由2-3天缩短至24小時(shí)内，同時(shí)可以降低由传统WGA（Whole Genome Amplification）带来的偏好(hǎo)（图1）。为了验证该体系的染色体异常检测能(néng)力，该研究對(duì)6種(zhǒng)带有不同染色体微小结构变异的细胞系進(jìn)行了检测（其中最小的染色体结构异常为1.29M的一段染色体缺失），并將(jiāng)单分子测序系统的分析结果与二代测序平台Illumina HiSeq X Ten的结果進(jìn)行了一致性分析。研究结果表明，该检测体系的分析结果与基于二代测序平台的分析结果完全一致，對(duì)低至1.29M的染色体结构异常可准确检出（图2）。

图1 對(duì)比传统WGA扩增方案 GC bias明显降低

图2  基于GenoCare 1600与HiSeq X Ten的CNV测序结果對(duì)比

（染色体异常：46, XX, del(1p36.33-1p36.32) 1.29M）

在基于微量细胞为研究樣(yàng)品的不同应用场景中，嵌合一直是困扰科研人员的一个重要因素。如在植入前胚胎中，染色体非整倍体嵌合情况较为常见。而不同类型和比例的嵌合對(duì)临床结局有一定影响。因此，對(duì)于少量细胞的染色体非整倍体嵌合状况進(jìn)行准确检测显得尤为重要。根据國(guó)际植入前遗传學(xué)诊断學(xué)會(huì)PGDIS（Preimplantation Genetic Diagnosis International Society）的建议，高于80%的异常嵌合建议按非整倍体处理，低于20%的异常嵌合建议按整倍体处理，介于20~80%之间的异常嵌合可作为临床医生的参考，根据具体情况来选择处理方案。该研究团队同時(shí)對(duì)该检测体系的嵌合异常胚胎的检出效力進(jìn)行了评估，將(jiāng)正常细胞系gDNA与染色体异常细胞系gDNA按0%~100%的不同比例進(jìn)行混合模拟不同的嵌合比率進(jìn)行建库测序检测分析。结果表明，该检测体系可對(duì)低至20%的异常嵌合成(chéng)功检出（图3）。

图3 基于GenoCare 1600的微量细胞系CNVs检测结果

（染色体异常：46, XY, dup(2p25.3-2p16.2) 53.26M，20%嵌合）